可以使用命令行选项“-ntc”为 Net Time Server & Client 指定配置文件，默认的配置文件是 Net Time Server & Client 安装目录下的 NetTime.ntc 文件。参见“命令行参数”。
在 Net Time Server & Client 实例存在的情况下，使用同样的配置文件再次启动 Net Time Server & Client 并不会创建新的实例，只会激活存在的实例。
可以通过在命令行指定不同的配置文件的方法来创建 Net Time Server & Client 的多个实例。如果指定的配置文件不存在，Net Time Server & Client 将会使用默认的配置自动创建。
此外，可以使用各个实例来安装各自的 Net Time Server & Client 服务，这些服务使用它们各自的配置文件。参见“服务”。